Health Data Hub et interoperabilite du Systeme national des donnees de sante.

Introduction: La France dispose d'une des bases de donnees medico-administratives les plus completes et homogenes au monde: le Systeme national des donnees de sante (SNDS). Cette base de donnees, initialement destinee a la gestion financiere de l'Assurance maladie, a longtemps ete sous-exploitee pour la recherche en sante en raison de sa complexite. Pour faciliter sa reutilisation, une piste de travail est sa standardisation via l'utilisation de modeles de donnees communs. Methodes: Depuis 2020, le Health Data Hub (HDH) transforme le SNDS vers le modele OMOP-CDM (<< Observational Medical Outcomes Partnership - Common Data Model >>). Cette transformation permet de creer un modele relationnel centre sur une table "patient" et de facilement reconstruire les parcours de soins. A partir d'un extrait du SNDS couvrant la periode 2019-2020 pour une population hospitalisee pour COVID (SNDS Fast-Track), un alignement des schemas de donnees et des terminologies ont ete realises. Les scripts de transformation sont developpes en Python et les validations sont effectuees via les logiciels du consortium OHDSI. Des travaux d'harmonisation ont ete realises avec des partenaires institutionnels (AP-HP, BPE). Resultats: Ce travail a permis de passer d'une base de donnees de plus de 180 tables a moins de 20 tables. Les alignements de terminologies ont ete realises par des internes en medecine sur plusieurs milliers de codes de differentes nomenclatures (CCAM, NABM, CSARR, etc.) vers SNOMED-CT. L'ensemble est disponible via la documentation collaborative du SNDS. Des travaux sont menes pour elargir le perimetre temporel (2015-2021). Discussion/Conclusion: La standardisation des bases de donnees de sante assure leur normalisation et interoperabilite, rendant leur exploitation croisee au niveau national et international plus efficace. L'utilisation de modeles de donnees communs accelere le partage de donnees, de documentation et de programmes. Plusieurs initiatives europeennes sont actuellement en cours telles que l'action conjointe TEHDAS et le pilote EHDS2 mene par le HDH. Mots-cles: Interoperabilite;SNDS;OMOP-CDM;Open source;ETL Declaration de liens d'interets: Les auteurs declarent ne pas avoir de liens d'interets.Copyright © 2023

Detection precoce de flambees epidemiques a travers la surveillance sentinelle au Senegal.

Contexte: Les epidemies constituent des menaces majeures dans les pays en developpement ou les outils de surveillance pour leur detection precoce et de reponse sont souvent inadequats. Au Senegal, depuis 2012, le Ministere de la sante en association avec l'Institut Pasteur de Dakar (IPD), a mis en place un systeme integre de surveillance sentinelle. Nous decrivons les etapes de developpement d'un systeme de surveillance sentinelle et les informations qu'il fournit au bon moment pour ameliorer la prise de decision en sante publique. Methodes: Le reseau 4S au Senegal repose sur des donnees de syndromes febriles et diarrheiques recueillies par des praticiens generalistes sentinelles (PGS). Les PGS communiquent a temps reel des donnees epidemiologiques (consultation totale, cas de fievre, paludisme, syndromes grippaux/COVID-19, suspicions d'arboviroses et les cas diarrhees) via une application androide. Les definitions utilisees sont celles de l'OMS et s'appuient sur des criteres cliniques. Les donnees sont validees et analysees a temps reel via une plateforme de detection precoce (EWS). Resultats: En 2021, le reseau 4S, qui comprenait 25 sites sentinelles, a identifie plusieurs alertes epidemiques qui ont ete ensuite confirmees. Cinq alertes etaient liees aux epidemies saisonnieres de la grippe et les vagues de COVID-19, deux avec des suspicions d'arboviroses. Sur un total de 205 000 consultations toutes causes confondues, 12,0 % etaient lies a des syndromes febriles. Parmi ces fievres, 33,0 % etaient lies a des syndromes grippaux/COVID-19, 9,2 % aux suspicions d'arboviroses, 13,6 % a des acces palustres confirmes et 4 % a des diarrhees febriles. Discussion/Conclusion: Le reseau 4S represente le premier systeme national de surveillance en << temps reel >> du Senegal. Il a demontre la faisabilite d'ameliorer la capacite de surveillance des maladies a potentiel epidemique grace a des systemes innovants en depit des contraintes de ressources avec des mesures de controle qui limitent leur impact et aident a prevenir d'autres epidemies. Declaration de liens d'interets: Les auteurs declarent ne pas avoir de liens d'interets.Copyright © 2022

Emergence of BA.4/BA.5 Omicron Sub-lineages and Increased SARS-CoV-2 Incidence in Senegal

Background: The Omicron variant B.1.1.529 has led to a new dynamic in the COVID-19 pan-demic, with an increase in cases worldwide. Its rapid propagation favors the emergence of novel sub-lineages, including BA.4 and BA.5. The latter has shown increased transmissibility compared to other Omicron sub-lineages. In Senegal, the emergence of the Omicron variant in December 2021 characterized the triggering of a short and dense epidemiological wave that peaked at the end of February. This wave was followed by a period with a significant drop in the number of COVID-19 cases, but an upsurge in SARS-CoV-2 infection has been noted since mid-June. Objective(s): The purpose of this brief report is to give an update regarding the genomic situation of SARS-CoV-2 in Dakar during this phase of recrudescence of cases. Method(s): We performed amplicon-based SARS-CoV-2 sequencing on nasopharyngeal swab samples from declared COVID-19 patients and outbound travelers that tested positive. Result(s): Ongoing genomic surveillance activities showed that more than half of recent COVID-19 cases were due to the BA.4 and BA.5 sub-lineages that share two critical mutations associated with increased transmissibility and immune response escape. The circulation of recombinants between Omicron sub-lineages was also noted. Conclusion(s): Despite the lack of proven severity of BA.4 and BA.5 sub-lineages, their increased transmis-sibility causes a rapid spread of the virus, hence a surge in the number of cases. This rapid spread consti-tutes a greater risk of exposure for vulnerable patients. To tackle this issue, any increase in the number of cases must be monitored to support public health stakeholders. Therefore, genomic surveillance is an ever-essential element in managing this pandemic.Copyright © 2022 Bentham Science Publishers.

Détection précoce de flambées épidémiques à travers la surveillance sentinelle au Sénégal

Contexte Les épidémies constituent des menaces majeures dans les pays en développement où les outils de surveillance pour leur détection précoce et de réponse sont souvent inadéquats. Au Sénégal, depuis 2012, le Ministère de la santé en association avec l'Institut Pasteur de Dakar (IPD), a mis en place un système intégré de surveillance sentinelle. Nous décrivons les étapes de développement d'un système de surveillance sentinelle et les informations qu'il fournit au bon moment pour améliorer la prise de décision en santé publique. Méthodes Le réseau 4S au Sénégal repose sur des données de syndromes fébriles et diarrhéiques recueillies par des praticiens généralistes sentinelles (PGS). Les PGS communiquent à temps réel des données épidémiologiques (consultation totale, cas de fièvre, paludisme, syndromes grippaux/COVID-19, suspicions d'arboviroses et les cas diarrhées) via une application androïde. Les définitions utilisées sont celles de l'OMS et s'appuient sur des critères cliniques. Les données sont validées et analysées à temps réel via une plateforme de détection précoce (EWS). Résultats En 2021, le réseau 4S, qui comprenait 25 sites sentinelles, a identifié plusieurs alertes épidémiques qui ont été ensuite confirmées. Cinq alertes étaient liées aux épidémies saisonnières de la grippe et les vagues de COVID-19, deux avec des suspicions d'arboviroses. Sur un total de 205 000 consultations toutes causes confondues, 12,0 % étaient liés à des syndromes fébriles. Parmi ces fièvres, 33,0 % étaient liés à des syndromes grippaux/COVID-19, 9,2 % aux suspicions d'arboviroses, 13,6 % à des accès palustres confirmés et 4 % à des diarrhées fébriles. Discussion/Conclusion Le réseau 4S représente le premier système national de surveillance en « temps réel » du Sénégal. Il a démontré la faisabilité d'améliorer la capacité de surveillance des maladies à potentiel épidémique grâce à des systèmes innovants en dépit des contraintes de ressources avec des mesures de contrôle qui limitent leur impact et aident à prévenir d'autres épidémies. Déclaration de liens d'intérêts Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d'intérêts.

SARS-CoV-2 Circulation in Guinea, March 2020-July 2021

The SARS-CoV-2 genetic variants emergence doesn't spare the West African continent which has to face vaccination implementation delay. Beside classical qRT-PCR diagnostic testing, strengthening of sequencing capacity is the cornerstone for tracking and fighting the emergence of SARS-CoV-2 variants in real time. From March 12th, 2020 to July 16th, 2021, a panel of 136 full length genomes of SARS-CoV-2 mutants/variants present in human nasopharyngeal swab samples conserved in the Biobank of the Institut Pasteur De Guinée were sequenced using Illumina methodology. The Guinean sequences, originating from the general population, expatriates, and travelers, were distributed into 7 clades. During March- August 2020, the sequences were exclusively distributed into 2 clades, 20A and 20B, most originating from Europe. The 20D and 20C clades were furtively observed in October 2020 and February 2021 respectively. The SARS-CoV-2 variant of concern (VOC) 20I/B.1.1.7/Alpha was first identified in January 2021, increased in incidence up to March 2021, and then decreased from April to June 2021, corresponding to the dynamic described in Africa. The variant of interest (VOI) 21D/B.1.525/Eta originating from Nigeria circulated in February-May 2021. The 21A/B.1.617.2/Delta VOC was detected from May 2021 in Guinea, became dominant in July and persisted behind the present sampling over August and September 2021. A similar dynamic was globally observed in Africa resulting in a clear increase of lethality in the population. In contrast, other variants previously found in Africa, such as the 20H/B.1.351/Beta VOC and variants from the sublineage A (A.23.1 lineage from East Africa and the A.27 lineage), were not detected in this study. This overview of SARS-CoV-2 over 1.5 years in Guinea demonstrates that virus clades, VOC and VOI were progressively introduced, mostly by travelers through the Conakry Airport, before spreading through the country. The tracking of viral evolution by sequencing is a continuous task. Since November 2021, a new wave is related to the emergence of the VOC Omicron. Making countries autonomous in sequencing is a challenge in Africa, not only to fight Covid-19, but also to face the numerous other emerging zoonoses which circulate across the continent.

Coronavirus: a disease of the haemoglobin? Suggested therapeutic approaches

The pathophysiology of the coronavirus infection is not yet fully understood. Several theories have been developed from the acute respiratory distress syndrome to antiphospholipid antibody syndrome to vascular thrombosis. It is in this context that we propose through brainstorming some proposals for the therapeutic management based on secondary haemoglobin damage by COVID-19.

Acute respiratory infections in children: prospective study on 109 cases at the University Hospital of Dakar, Senegal

The main objective of this study was to focus on the microbiological aspects of acute respiratory infections (ARI) in children in Senegalese hospitals. The hospital frequency of acute respiratory infections in children was 3.7%. The average age was 23.7 months with extremes between 1 month and 144 months. Peaks of consultations were found in August, March and April with 22%, 15.6%, and 12.8% respectively. Fever, respiratory distress and pulmonary condensation syndrome were the main signs found on examination in our patients. Bacteriology was positive in 82.6% of the samples and the most frequently found bacteria were: Streptococcus pneumoniae in 38.5%, Haemophilus influenza b in 32.1% and Moraxella catarrhalis in 25.7%. Virological tests were positive in 80.7%. The viruses most frequently found in the samples were Rhinovirus in 33% of the samples, Human respiratory syncytial virus in 24.8% and coronavirus in 15.6%. On mycological examination, only 4 samples out of 109 were positive, i.e. 3.7%. The only fungi found was Pneumocystis with its two serotypes Pneumocystis jirovecii and Pneumocystis pneumonia in equal proportions. Among the diagnoses retained, pneumonia was predominant and found in 61 of the cases, with a prevalence of 59.9%, followed by acute bronchiolitis with a prevalence of 16.51%. The average length of hospitalization was 10 days. Lethality was 1.8% or 2 cases. Acute respiratory infections in children still remain a public health problem in developing countries, with children under 5 years of age being the most affected, hence the need to strengthen programs to combat ARI.